"Matrix Resurrections", Neo ve Trinity'nin hikayesini devam ettirir, ancak tam olarak nasıl bir bağlam içinde olduğunu açıklamak, filmin izleyicilere bıraktığı bir sürprizdir. Neo, gerçek dünyada bir terapist olarak yaşamaktadır ve geçmişindeki olaylara dair anıları silinmiştir. Ancak, yeniden Matrix'e çekildiğinde geçmişle yüzleşmeye ve gerçeği keşfetmeye başlar.